O Naruto Storm 4 MUGEN é baseado na plataforma MUGEN, motor de jogo que permite criar personagens, cenários e add-ons através de arquivos de texto interpretados e compilações de gráficos e sons, e suporta o uso de funcionalidades encontradas em jogos 2D. O MUGEN cria possibilidades diversas para o fã de games que deseja botar a criatividade em prática.